要清理和恢复被黑的PHP网站，可以按照以下步骤进行：

‌立即停止网站运行并备份数据‌

首先，立即停止网站的运行，以防黑客进一步攻击和造成更多损害。关闭与服务器的连接或禁用网站，直到问题解决为止‌。

在处理安全问题之前，务必备份网站的所有数据，包括文件、数据库和配置文件。这样可以确保在修复过程中不会丢失任何重要数据‌。

‌找出入侵点并收集证据‌

检查网站的日志文件、访问记录和文件修改时间，以找出黑客是如何进入你的网站的‌。

收集尽可能多的日志和其他证据，包括攻击痕迹、异常文件、数据库日志等，这些证据将有助于你理解和追踪黑客的入侵路径和方法‌。

‌清理恶意代码‌

从备份中还原被篡改的文件，并扫描整个网站以寻找恶意代码‌。

使用可靠的安全工具或扫描器，检查网站中的文件、数据库和主题模板，删除或修复受感染的文件‌。

‌更新和加固系统‌

确保使用的PHP版本、CMS系统和插件都是最新的，及时更新软件可以解决许多安全漏洞‌。

强化安全措施，如使用强大的密码、正确配置文件和权限、定期备份数据等，以加强系统安全‌。

‌重新安装和设置‌

如果必要，可以重新安装网站程序，包括数据库，确保在安装时设置复杂的密码和权限，以防止再次被攻击‌。

‌提交网站重审请求‌

在网站恢复正常后，向搜索引擎提交修复请求或重审请求，以便重新获得良好的排名和流量‌。

‌持续监控和安全审计‌

对整个系统进行安全审计，确保所有已知的安全漏洞都已得到修复‌。

持续监控网站访问日志，及时发现异常活动，并采取相应的安全措施‌。

通过以上步骤，你可以有效地清理和恢复被黑的PHP网站，并加强网站的安全性，防止未来的攻击。